BioLinux — BioLinux
BioLinux — термин, используемый в различных проектах, связанных с упрощением доступа к программному обеспечению bioinformatics на платформе Linux с помощью одного или нескольких из следующих методов:
- Предоставление полных систем
- Предоставление репозиториев программного обеспечения биоинформатики
- Добавление пакетов биоинформатики к стандартным дистрибутивам
- Live DVD / CD с добавленным программным обеспечением биоинформатики
- Системы построения и поддержки сообществ
В настоящее время существуют различные проекты с аналогичными целями как в системах Linux, так и в других Unix-системах, и некоторые из них приведены ниже. В информационном бюллетене Canadian Bioinformatics Helpdesk также есть обзор, в котором подробно описаны некоторые проекты на базе Linux.
- 1 Репозитории пакетов
- 1.1 Red Hat
- 1.2 Debian
- 1.3 Slackware
- 1.4 Apple / Mac
Репозитории пакетов
Red Hat
Репозитории пакетов обычно специфический для дистрибутива Linux, который использует биоинформатик. В биоинформатике преобладает ряд вариантов Linux. Fedora — это свободно распространяемая версия коммерческой системы Red Hat. Red Hat широко используется в корпоративном мире, поскольку предлагает коммерческую поддержку и пакеты обучения. Fedora Core — это производная от Red Hat, поддерживаемая сообществом, она популярна среди тех, кому нравится система Red Hat, но не требует коммерческой поддержки. Многие пользователи приложений биоинформатики создали RPM (формат пакетов Red Hat), предназначенные для работы с Fedora, которые вы потенциально также можете установить в системах Red Hat Enterprise Linux. Другие дистрибутивы, такие как Mandriva и SUSE, используют RPM, поэтому эти пакеты могут также работать с этими дистрибутивами.
Debian
Debian — еще один очень популярный дистрибутив Linux, используемый во многих академических учреждениях, и некоторые биоинформатики сделали свои собственные программные пакеты доступными для этого дистрибутива в формат deb.
Slackware
Slackware — один из менее используемых дистрибутивов Linux. Он популярен среди тех, кто лучше знает операционную систему Linux и предпочитает командную строку различным доступным графическим интерфейсам. Пакеты имеют формат tgz или tgx. Наиболее широко известный live-дистрибутив, основанный на Slackware, — это Slax, и он использовался в качестве основы для многих дистрибутивов биоинформатики.
Apple / Mac
Многие пакеты Linux совместимы с Mac OS X, и есть несколько проектов, которые пытаются упростить установку выбранных пакетов Linux (включая биоинформатику). программное обеспечение) на компьютере под управлением Mac OS X. (источник?)
Live DVD / CD
Live DVD или компакт-диски не являются идеальным способом обеспечения биоинформатических вычислений, поскольку они запускаются с компакт-диска /DVD-привод. Это означает, что они работают медленнее, чем установка с традиционного жесткого диска, и имеют ограниченные возможности настройки. Однако они могут подходить для предоставления специальных решений там, где нет другого доступа к Linux, и даже могут использоваться в качестве основы для установки Linux.
Стандартные дистрибутивы с хорошей поддержкой биоинформатики
В общем, дистрибутивы Linux имеют широкий спектр доступных официальных пакетов, но они обычно не включают в себя большую научную поддержку. Есть исключения, подобные описанным ниже.
Gentoo Linux предоставляет более 156 приложений биоинформатики (см. стадо научной биологии Gentoo в основном дереве ) в форме ebuilds, которые создают приложения из исходного кода. Дополнительные 315 пакетов находятся в оверлее Gentoo science (для тестирования).
Несмотря на то, что это очень гибкая система с отличной поддержкой сообщества, требование установки из исходного кода означает, что системы Gentoo часто устанавливаются медленно и требуют значительного обслуживания. Можно сократить время компиляции, используя центральный сервер для создания двоичных пакетов. С другой стороны, вы можете точно настроить все для работы на максимальной скорости, используя лучшее из вашего процессора (например, для фактического использования инструкций SSE, AVX и AVX2 CPU). Дистрибутивы на основе двоичных файлов обычно предоставляют двоичные файлы, используя только наборы инструкций i686 или даже только i386.
FreeBSD не является дистрибутивом Linux, но, поскольку это версия Unix, она очень похожа. Его порты похожи на ебилды Gentoo, и применяются те же предостережения. Однако существуют также готовые бинарные пакеты. Существует более 60 приложений для биологических наук, и они перечислены на сайте Fresh Ports.
В стандартную установку Debian входит более сотни пакетов биоинформатики. Пакеты NEBC Bio-Linux также могут быть установлены в стандартной системе Debian, если также установлен пакет bio-linux-base. Это создает каталог / usr / local / bioinf, в котором другие наши пакеты устанавливают свое программное обеспечение. Пакеты Debian также могут работать в Ubuntu Linux или других установках, производных от Debian.
Системы построения и поддержки сообществ
Обеспечение поддержки и документации должно быть важной частью любого проекта BioLinux, чтобы ученые, не являющиеся ИТ-специалистами, могли быстро найти ответы на свои конкретные проблемы. Форумы поддержки или списки рассылки также полезны для распространения знаний в исследовательском сообществе. Ссылки на некоторые из этих ресурсов приведены здесь.
См. Также
Bio-Linux 8 — Linux-дистрибутив для биоинформатиков
Новый релиз Bio-Linux 8 на базе Ubuntu 14.04, по словам создателей, служит идеальной системой для научной обработки и анализа биологических данных.
Гораздо чаще встречаются специализированные дистрибутивы GNU/Linux, решающие какую-то техническую задачу: обеспечивающие анонимность, позволяющие провести аудит безопасности, разного рода шлюзы, компактные версии с набором утилит. Или решающие пользовательскую задачу: игровая сборка, для работы с мультимедиа, для разворачивания HTPC и т.д. На их фоне выделяется Bio-Linux 8 — он предназначен для исследователей в области биоинформатики и предоставляет платформу для разворачивания биоинформатических рабочих станций.
Bio-Linux 8 позволяет исследователям хранить, управлять и анализировать данные в специализированном программном обеспечении. Дистрибутив построен на последней LTS-версии Ubuntu и использует графическое окружение MATE. Другие особенности дистрибутива:
- обновлённые версии ключевых приложений для биоинформатики: QIIME, Mothur, Jalview, Artemis, BLAST, Bowtie-Bio и многих других;
- обновление множества пакетов для языка R: ggplot2, DESeq и edgeR, а также Bioconductor и тысячи других пакетов;
- заранее подготовленный шаблоны для использования в VMWare/VirtualBox;
- улучшена интеграция с проектом Galaxy.
В частности, дистрибутив поддерживает и развивает Гарвардская школа общественного здравоохранения. Более подробная информация о Bio-Linux 8 размещена на сайте, где разработчики обещают бесплатного котёнка за каждое скачивание дистрибутива.
Вышел Bio-Linux 8
Bio-Linux — дистрибутив, основанный на Ubuntu, созданный для решения проблем биологов в обработке данных, полученных из экспериментов.
Bio-Linux — прекрасный пример того, как создаются специализированные дистрибутивы на базе Ubuntu. Дистрибутивостроение не предполагает замену логотипа, копирайтов, как это могло показаться на примере Bolgenos и ему подобных. Вместо этого разработчики дистрибутивов стараются решить какую-то конкретную задачу, вставшую пред ними/их близкими. Именно дистрибутивы, созданные для решения проблем, а не ради дешевой славы и находят популярность и применение.
Так Bio-Linux можно использовать для развёртования окружения для биологов. В нём уже установлены программы:
- из области биоинформатики: QIIME, Mothur, Jalview, Artemis, BLAST, Bowtie-Bio и т.д.
- для статистических исследований, основанные на R: ggplot2, DESeq, edgeR, Bioconductor;
- шаблоны для виртуализации VMWare/VirtualBox.
Узнать подробности о проекте можно по ссылке.
Запись опубликована автором Admin в рубрике Обновления с метками Bio-Linux, Ubuntu 14.04. Добавьте в закладки постоянную ссылку.
Новые пакеты
05.09 wordpress 5.2.3 05.09 qt-creator 4.10.0 05.09 libreoffice 6.3.1 05.09 k3b 19.08.1 05.09 digikam 6.3.0 05.09 NetworkManager 1.20.2 04.09 links 2.20.1 04.09 gtk 3.24.11 04.09 cmake 3.15.3 04.09 cinnamon 4.2.4 03.09 docker 19.03.2 03.09 VirtualBox 6.0.12
